Bãi đá cổ đang có nguy cơ bị biến dạng do thời gian và con người xâm hại. Một số họa tiết bị mờ vì mưa nắng bào mòn. Một số bị biến dạng do sự thiếu ý thức của người tham quan, trèo lên đá hoặc khắc những hình khắc mới [4].

Giới xây dựng thủy điện đã đưa ra dự án Thủy điện Sử Pán 1, dự kiến xây dựng trên dòng chính ngòi Bo ở vùng di tích bãi đá cổ Sa Pa và vùng phát triển du lịch, nên đã gây tranh cãi, đáng chú ý nhất là ý kiến "chủ đầu tư kiện Sở VH-TT&DL, sở thua là chắc". Tuy nhiên "nhiều chuyên gia cho rằng thủy điện không thể đồng hành với du lịch sinh thái bởi vì cái du khách muốn là cảnh quan thiên nhiên và văn hóa bản địa thì đã bị thủy điện hủy hoại", và Sử Pán 1 được coi là đã dừng thực hiện [7].